В 1928 г. переклассифицирован в КЛ и выведен в резерв, но в 1936 г. после ремонта и модернизации вновь введен в строй и переименован в «Abdon Calderon». КЛ неоднократно модернизировалась и перевооружалась. В 1936 г. ПК переведены на нефтяное отопление, из вооружения оставлены лишь два орудия ГК. В 1941 г. из-за усиления напряженности с Перу вооружение усилено 2 47-мм пушками «Hotchkiss» и 2 20-мм/65 автоматами «Breda» на станках армейского образца. Фактический ход на 1941 г. не превышал 8 уз. Вся артиллерия находилась в чрезвычайно плачевном состоянии, из-за чего, например, в сражении у Хамбели одно орудие ГК так и не смогло открыть огонь. В результате по окончании сражения перевооружен на 2 76-мм орудия Круппа.
С 1947 г. использовалась как транспорт. Исключена из состава флота 16.7.1960 после 74 лет нахождения в строю. В 1986 г. открыта в качестве корабля-музея в Гуаякиле.

Патрульный корабль «Manabi»
1.2.1941 перечислена в патрульную яхту и переименована в PY-18 «Turquoise». Передана по ленд-лизу Эквадору 29.1.1944 в Зоне Панамского канала и введена в строй эквадорского флота как патрульный корабль «Nueve de Octobre». Формально продан Эквадору 13.5.1949. В 1949 г. переименован в «Esmeraldas». Потерпел крушение на камнях у Гуаякиля 9.9.1953.

Патрульный корабль «Jade»
Бывшая американская частная яхта «Coronet», построена в Германии в 1928 г. 27.1.1941 куплена ВМС США и 10.6.1941 введена в строй как патрульная яхта PYc-8 «Opal» с вооружением из 1 76-мм/23 орудия и 2 БС. Передана по ленд-лизу Эквадору 23.9.1943 в Зоне Панамского канала и введена в строй эквадорского флота как патрульный корабль «Manabi». В составе ВМС Эквадора перевооружен. Формально продан Эквадору 13.5.1949. Исключен из состава ВМС Эквадора в 1960 г.

Патрульный корабль «Nueve de Octobre»
Бывшая американская частная яхта «Ohio», построена в 1920 — 1922 гг.; затем неоднократно перепродавалась и носила названия «Maramichi», «Walucia III», «Kallisto» и «Entropy». 21.8.1940 куплена ВМС США и 5.12.1940 введена в строй как охотник за ПЛ РС-459;
869 т; 1 диз., 2400 л.с.16 уз. 2×1 — 65-мм/40, 2×1 — 20-мм/65.
Бывшая яхта «Ага», построенная для амер. миллионера Уильяма Вандербильдта в Великобритании в 1917 г. Оснащена мощным дизелем типа «Atlas». Куплена Эквадором за 60 тыс. долл., прибыла в Гуаякиль 1.9.1935 и переоборудована в учебный корабль. ЭУ корабля находилась в плохом состоянии, и он был способен развивать ход не более 6 уз., вследствие чего редко выходил в море. В 1940 г. прошел ремонт в Панаме, хотя проблемы с механической частью устранены не были. 10.7.1941 был поврежден внутренним взрывом. Исключен из списков в 1955 г.

Содержание даже крохотного флота из «крейсеров» «Libertador Bolivar», «Cotopaxi» и миноносца «Tarqui» оказалось стране не под силу, и в 1928 г. ВМС фактически прекратили свое существование, когда «Libertador Bolivar» был списан, «Tarqui» погиб в аварии, a «Cotopaxi» разоружен и поставлен на прикол.

Возрождение ВМС Эквадора началось по инициативе президента Ве-ласко Ибарры в 1935 г. Была вновь введена в строй КЛ «Cotopaxi» под названием «Abdon Calderon», вооружено авизо «Atahualpa», а также куплен учебный корабль «Presidente Alfaro». Эти три единицы вместе с малым катером «Hualtaco» и составляли флот страны на 1941 г.

5.7.1941 перуанские войска вторглись на территорию Эквадора и в ходе форменного блицкрига оккупировали значительную часть территории страны. Перуанский флот блокировал эквадорское побережье, но единственными столкновениями на море стали стычка авизо «Atahualpa» с перуанским СКА Р-101 19.7.1941 и безрезультатный для обеих сторон бой КЛ «Abdon Calderon» с перуанским ЭМ «Almirante Villar» у Хамбели 25.7.1941. Уже 31.7.1941 под давлением США было достигнуто перемирие, а по мирному договору, подписанному 29.1.1942 в Рио-де-Жанейро, к Перу отошли 40 процентов территории Эквадора (278 тыс. кв. км в Амазонии).

В тот же день 29.1.1942 Эквадор разорвал дипломатические отношения со странами «Оси». Однако война Германии была объявлена только 2.2.1945, а Японии — 9.2.1945. С 1942 по 1946 гг. на принадлежавших Эквадору Галапагосских о-вах действовала военно-морская база США, за что американцы передали ВМС Эквадора по ленд-лизу три патрульных корабля (один из них был быстро возвращен) и один транспорт.