Эквадор в межвоенный период представлял собой классическую «банановую-республику» — основу экономики этой отсталой страны составлял экспорт бананов и кофе, а власть менялась в калейдоскопе вереницы беспорядков и военных переворотов.

Содержание даже крохотного флота из «крейсеров» «Libertador Bolivar», «Cotopaxi» и миноносца «Tarqui» оказалось стране не под силу, и в 1928 г. ВМС фактически прекратили свое существование, когда «Libertador Bolivar» был списан, «Tarqui» погиб в аварии, a «Cotopaxi» разоружен и поставлен на прикол.

Возрождение ВМС Эквадора началось по инициативе президента Ве-ласко Ибарры в 1935 г. Была вновь введена в строй КЛ «Cotopaxi» под названием «Abdon Calderon», вооружено авизо «Atahualpa», а также куплен учебный корабль «Presidente Alfaro». Эти три единицы вместе с малым катером «Hualtaco» и составляли флот страны на 1941 г.

5.7.1941 перуанские войска вторглись на территорию Эквадора и в ходе форменного блицкрига оккупировали значительную часть территории страны. Перуанский флот блокировал эквадорское побережье, но единственными столкновениями на море стали стычка авизо «Atahualpa» с перуанским СКА Р-101 19.7.1941 и безрезультатный для обеих сторон бой КЛ «Abdon Calderon» с перуанским ЭМ «Almirante Villar» у Хамбели 25.7.1941. Уже 31.7.1941 под давлением США было достигнуто перемирие, а по мирному договору, подписанному 29.1.1942 в Рио-де-Жанейро, к Перу отошли 40 процентов территории Эквадора (278 тыс. кв. км в Амазонии).

В тот же день 29.1.1942 Эквадор разорвал дипломатические отношения со странами «Оси». Однако война Германии была объявлена только 2.2.1945, а Японии — 9.2.1945. С 1942 по 1946 гг. на принадлежавших Эквадору Галапагосских о-вах действовала военно-морская база США, за что американцы передали ВМС Эквадора по ленд-лизу три патрульных корабля (один из них был быстро возвращен) и один транспорт.