В 1934 г. Конгресс США предоставил Филиппинам статус полностью автономного государства, согласившись окончательно предоставить этой стране независимость к 1946 г. по окончании 10-летнего переходного периода. После введения автономии «Содружества Филиппин» началось создание филиппинских вооруженных сил, план формирования которых разработал в 1935 г. назначенный главным военным советником (а фактически командующим) американский генерал Дуглас Макартур.

Наряду с созданием армии и ВВС, Макартур предложил для обороны архипелага от возможного японского нападения создать «москитный флот» из 55 ТКА. В соответствии с этим планом вооруженные силы были учреждены актом Национальной ассамблеи Филиппин от 21.12.1935, и по нему планировалось построить 36 ТКА к 1946 г. Фактическое формирование флота началось 15.4.1938, когда в составе филиппинской армии был создан Прибрежный патруль (Off-Shore Patrol). 12 ТКА для него были заказаны в Великобритании, а затем началась постройка катеров по британскому образцу и на Филиппинах.

Главной базой создаваемых ВМС стала Кавите на Лусоне. Однако к началу войны на Тихом океане формируемая в составе Прибрежного патруля 1-я эскадра ТКА успела получить только три катера (потом ввели в строй еще два), которые и были потеряны при обороне островов. Боевые действия на Филиппинах начались уже 7.12.1941, через три дня японцы произвели первую высадку и к лету 1942 г. архипелаг был оккупирован. Полностью Филиппины были освобождены только после капитуляции Японии. Филиппинский Прибрежный патруль был вновь воссоздан уже после окончания войны в 1946 г.