Колумбия, несмотря на свою бурную историю, в период 1918 — 1945 гг. переживала период относительного спокойствия и стабильности с сохранением в общем демократических институтов. В 1925 г. правительство с целью обновления своего незначительного флота приняло и успешно реализовало план приобретения 8 небольших патрульных судов и речных КЛ.
В 1932— 1933 гг. произошел вооруженный конфликт, вызванный попыткой Перу отторгнуть принадлежащий Колумбии район приграничного г. Летисия. Поскольку доступ в этот удаленный регион был возможен только по рекам (включая протекавшую по территории Бразилии Амазонку), то обе стороны активно задействовали свои морские и речные силы и незамедлительно приступили к их наращиванию. Колумбия вела переговоры о приобретении двух крейсеров и одной КЛ из состава испанского флота, боевых кораблей в Великобритании, а также двух бывших русских ЭМ в Эстонии. Неудача этих попыток (в частности, ЭМ были перекуплены Перу) заставила ограничиться покупкой двух строящихся в Португалии ЭМ и приобретением в Европе и Америке десятка разномастных коммерческих судов (4 из которых были переоборудованы в КЛ, получившие названия «Bogota», «Cordova», «Mosquera» и «Mariscal Sucre»). В итоге после успешных действий колумбийской армии и речных сил спорная территория Летисии осталась за Колумбией, что было закреплено в подписанных при посредничестве Бразилии и Лиги Наций соглашениях с Перу 2.11.1933 и 24.5.1934.
Два приобретенных в Португалии в ходе конфликта новых ЭМ типа «Vouga», вступившие в строй в 1934 г., значительно увеличили боевые возможности колумбийского флота и составили его ядро на следующие два десятилетия.
Придерживаясь проамериканской линии во внешней политике, Колумбия уже 20.12.1941 разорвала дипломатические отношения со странами «Оси», а 26.11.1943 объявила войну Германии и Японии. Колумбийский флот принял участие в эскортных и противолодочных операциях в Карибском море, самым значительным боевым эпизодом с его участием стала безуспешная атака ЭМ «Caldas» на герм. ПЛ U-154 29.3.1944. В период войны США передали ВМС Колумбии два СКА.