Перу с 1919 по 1945 гг. находилось под властью сменявших друг друга диктаторских и авторитарных правительств. С 1920 г. строительство ВМС страны осуществлялось под руководством американской военно-морской миссии.
Не имея ресурсов для реального соперничества на море с намного более мощным флотом главного потенциального противника — Чили — перуанское правительство сделало ставку на развитие подводных сил, заказав в 1920-е гг. в США четыре ПЛ типа «R».
В 1932 — 1933 гг. Перу втянулось в неудачную для себя военную конфронтацию с Колумбией, попытавшись захватить пограничный район вокруг г. Летисия. Поскольку основной доступ в этот регион был возможен по рекам, причем в первую очередь по протекавшей по территории Бразилии Амазонке, перуанцы весной 1933 г. направили в Карибское море плавбазу «Lima» и миноносец «Teniente Rodriguez», а в бразильский порт Белем с целью дальнейшего перехода по Амазонке к Летисии — крейсер «Almirante Grau» и ПЛ R-1 и R-2, однако этот отряд пришел в Белем всего за 10 дней до под-писания перемирия 25.5.1933. В рамках спешного усиления своего флота Перу тогда же приобрело в Эстонии два бывших русских ЭМ типа «Новик», а в США заказало две речные КЛ.
5.7.1941 перуанская армия совершила нападение на Эквадор. В ходе короткой месячной войны перуанцы отторгли от Эквадора 40 процентов его территории, что было закреплено мирным договором в Рио-де-Жанейро 25.1.1942. В течение конфликта перуанский флот успешно блокировал эквадорское побережье, однако единственными столкновениями на море стали стычка эквадорского авизо «Atahualpa» с перуанским СКА Р-101 19.7.1941 и безрезультатный для обеих сторон бой перуанского ЭМ «Almirante Villar» с эквадорской КЛ «Abdon Calderon» у Хамбели 25.7.1941.
Правительство Перу 24.1.1942 разорвало дипломатические отношения со странами «Оси», но только 12.2.1945 объявило войну Германии и Японии. Тем не менее, с начала 1942 г. ВМС Перу осуществляли патрулирование побережья, а военно-морская база Эль Пато была предоставлена для базирования американских сил. Ввиду того, что крупные корабли из-за регулярного патрулирования получили сильный износ материальной части, перуанский флот в 1944 г. получил от США шесть СКА.